حصلت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، رسميًا على قطعة أرض لبناء كنيسة لخدمة شعب المنطقة، في ثمانينات القرن الماضي، وكان أول من رُسم قسًا على الكنيسة هو القس مرقوريوس نبيل، وذلك في العاشر من شهر مارس لعام 2000.
ومرت الكنيسة بعدة مراحل سابقًا، ولا تزال تمر في الوقت الراهن، بمستجدات تخص عملية البُناء والتشييد.
المرحلة الأولى
انطلقت المرحلة الأولى لبُناء كنيسة الشهيد العظيم فيلوباتير مُحب الأب مرقوريوس أبي سيفين، من رحم كنيسة القديس العظيم الأنبا أنطونيوس، حيث عكف القس كاراس عبدالله، منذ سيامته في العاشر من مارس لعام 2000، على تأسيس قاعدة خدمية، وزيارة الشعب القبطي الأرثوذكسي للكنائس الثلاث، واستمرت تلك المرحلة حتى تم توفيق الأوضاع القانونية للكنيسة وعمل سور لأرض الكنيسة، وإعلانها رسميًا كنيسة قبطية أرثوذكسية، بمنطقة المشروع الأمريكي- المُجاورة السابعة.
المرحلة الثانية
قبيل توفيق الأوضاع القانونية للكنيسة، وبُناء السور تم انتقال القس مرقوريوس نبيل إلى كاتدرائية السيدة العذراء مريم بحلوان، ليتولى مسؤولية الكنيسة بعد ذلك القمص أندراوس عزمي راعي كنيسة الشهيد العظيم مارجرجس بشرق حلوان، وبعد ذلك وتحديدًا في العشرين من فبراير لعام 2015، قام نيافة الأنبا بيسنتي بسيامة الشماس مدحت جابر من خدمة اجتماع الشباب بكنيسة الأنبا أنطونيوس، في رتبة الكهنوت باسم القس أرسانيوس جابر، على كنيسة الشهيد أبي سيفين.
المرحلة الثالثة
جاءت المرحلة الثالثة مع رسامة القس أرسانيوس جابر، الذي بدأ العمل الخدمي بالكنيسة عقب عمل سور يحيط بالكنيسة، فقام ببناء كنيسة مبدئية لإتمام طقوس القداس الإلهي، وتمت إتمام طقوس أول قداسًا إلهيًا في إحدى الغرف الأولية بالكنيسة وذلك يوم 13 من شهر أكتوبر لعام 2015.
ثم توسعت الكنيسة بعض الشئ لتصبح في هيئة شبه مُستقرة حاليًا لخدمة أهل المنطقة مُؤقتًا وذلك لحين أن يشاء الهنا الصالح بالحفر لبناء الشكل النهائي للكنيسة، والمُسلم بحسب الرسم المعماري للجهات المعنية بالدولة.
وفي العاشر من شهر مارس لعام 2019، قام نيافة الحبر الجليل الأنبا بيسنتي بسيامة الشماس الإكلريكي مايكل ميلاد، أمين اجتماع الأسرة بالكنيسة، في رتبة الكهنوت الذي يشارك القس أرسانيوس جابر العمل الرعوي حاليًا بالكنيسة، باسم القس أبانوب ميلاد.
مشتملات الكنيسة
بالكنيسة ثلاث هياكل، وثلاث مذابح، الرئيسي على اسم القديسة العذرء مريم والبحري باسم القديس بشنونة والقبلي باسم ابي سيفين، كما تشتمل الكنيسة على صحن واسع مغطي بالجمالون، مكيف الهواء، وتتسع الكنيسة الى 250 فردا، بالاضافة الى 5 غرف خدمية، وقاعة للخدمة، وحضانة، وارضية نادي وكانتين ومكاتب للاباء ودورات للمياه.